Fenerbahçe (basketbol takımı) 1958-59 sezonunda İstanbul Erkekler Basketbol Ligi'nde şampiyonluk şansını son iki maça kadar sürdürse de ligi üçüncü bitirdi.
Fenerbahçe Teşvik Turnuvasında ikinci olurken, sezon sonunda oynanan Bahar Kupası'nda şampiyon oldu (Darüşşafaka iki beraberlikle ikincilikte kaldı).
Sezon başında, 1957-63 arasında dört kez Polonya şampiyonu olan Legia Warszawa'ya karşı alınan galibiyet nedeniyle Spor Oyunları Federasyonu Fenerbahçe'yi kutlamıştır.
Son hafta takımlar son iki maçlarını oynarken lig sıralamasına göre Modaspor, Fenerbahçe, Galatasaray ve Darüşşafaka şampiyonluk potasındaydı. Fenerbahçe'nin şampiyon olabilmesi için son iki maçını (Beykoz ve Galatasaray) kazanması, ayrıca dördüncü sırada olmakla birlikte şampiyonluk iddiası bulunan Darüşşafaka'nın da Modaspor'un yenmesi gerekmekteydi. Zira Modaspor ile Fenerbahçe'nin puan eşitliği halinde Modaspor şampiyon oluyordu (ilk yarıdaki maçı yedi sayı fartkla kazanan Modaspor'un rovanşı beş sayı farkla kazanabilen Fenerbahçe'ye ikili averajda +2 üstünlüğü vardı).
21 Şubat 1959 tarihinde Modaspor Darüşşafaka'yı yenince şampiyonluğu garantiledi. Böylece son gün Fenerbahçe-Galatasaray maçının şampiyonluk düğümünde hiçbir önemi kalmadı ve ikincilik-üçüncülük maçına dönüştü. Maçı kaybeden Fenerbahçe üçüncülüğe gerilerken, Lig ikincisi Galatasaray ile birlikte Federasyon Kupası'nın yolunu tuttu.
İstanbul üçüncüsü olan Fenerbahçe, Türkiye Şampiyonası'na İstanbul, Ankara ve İzmir şampiyonlarının haricinde katılacak diğer iki takımın belirleneceği Federasyon Kupası müsabakalarında İstanbul grubunda Ankara üçüncüsü Ankara Demirspor, İzmir üçüncüsü Karantina ve Anadolu Kupası'nda ilk ikide yeralan Edirne Meriçspor'la eşleşti. İTÜ Salonu'nda oynanan karşılaşmalarda sarı-lacivertliler ilk iki maçı açık farklarla kazandılar. Öyle ki 98-33 kazanılan Meriçspor maçının ilk yarısı da 50-7 gibi bir skorla Fenerbahçe lehine bitmişti. Son maçında, keza ilk iki maçını kazanan Ankara Demirspor'u da mağlup eden Fenerbahçe Federasyon Kupası şampiyonu olarak (altıncı kez üstüste) Türkiye Şampiyonası'na katılmaya hak kazandı.
Fenerbahçe, Türkiye Şampiyonası'nın hemen öncesinde Türkiye'deki NATO üslerinde görevli ABD Hava Kuvvetleri mensubu Samuel Hopkins ve James Holley'i renklerine bağladı.
Şampiyona'nın ilk gününde Fenerbahçe Mülkiye'yi 71-57 yendi. Karşılaşmaya Mehmet Baturalp, James Holley, Tuncer Kobaner, Ömer Urkon ve Gündüz Erkan beşiyle çıkan Fenerbahçe ilk yarıda zorlandı. 28-28 biten ilk yarının ardından canlanan sarı-lacivertliler rakibinin canlı savunması sonucunda üç oyuncusunun beş faulle oyun dışı kalmasıyla rahatladı ve son 10 dakikada farkı açarak ilk günü kayıpsız geçti. Sarı-lacivertliler Amerikalı oyunculardan fazla verim alamamışlardı (Yalnızca Holley 1 sayı atabilmişti). Galatasaray ise Karşıyaka'yı 90-41 yendi ve ilk günü lider kapadı.
İkinci günü Fenerbahçe bay geçti. Galatasaray Mülkiye'yi 84-47 yenerek ikinci günü de lider kapadı. İlk günü bay geçen diğer şampiyonluk adayı Modaspor ise Karşıyaka'yı 85-30 yenerek Şampiyonaya iyi bir başlangıç yaptı.
Şampiyonluk adaylarının birbirleriyle karşılaşmaya başladıkları üçüncü gün Modaspor Galatasaray'ı 68-57 yenerek sarı-kırmızılıların şampiyonluk umutlarına büyük darbe vurdu ve kendi şampiyonluk iddiasını namağlup sürdürdü. Fenerbahçe ise Karşıyaka'yı 79-47 yenerek iki zayıf rakibe karşı iki galibiyetle kalan zorlu iki maçına kayıpsız girdi.
Dördüncü gün Fenerbahçe Modaspor'u 54-51 yenerken şampiyonluk yolunda büyük avantaj yakaladı. İlk yarıyı 28-24 geride bitiren sarı-lacivertliler ikinci yarıda eski yıldızları Altan Dinçer'e da dahil olmak üzere başarılı bir adam adama savunma yaparak maçı kazandılar. Bu sonuçla Fenerbahçe son gün Galatasaray'ı yenerse şampiyon olacak, Galatasaray'ın 20 farka kadarki galibiyetlerinde Modaspor, 20 farkın üzerinde ise Galatasaray şampiyon olacaktı. Günün diğer maçında ise Mülkiye Karşıyaka'yı 87-59 yenerek dördüncülüğü garantilemiş oldu.
Beşinci gün skoreri Tuncer Kobaner'in sakatlanıp çıkmasına rağmen Fenerbahçe ezeli rakibi Galatasaray'ı 73-64 yenerek ikinci kez Türkiye şampiyonu oldu. İlk yarıyı 37-33 önde bitiren Fenerbahçe, 27. dakikada farkı on sayıya çıkardı (53-43) ve kalan dakikalarda rakibinin alan savunmasına karşı başarılı hücum ederek maçı rahatça kazandı. Modaspor ise Mülkiye'yi 83-41 yenerek Türkiye ikinciliğine ulaştı.
Genç takım üç sezon aradan sonra İstanbul şampiyonu oldu. Sarı-lacivertli takım 13-15 Mart 1959 tarihlerinde İstanbul'da düzenlenen Türkiye Gençler Basketbol Şampiyonası'nda İzmir Karantina'yı 59-27, Kırklareli'ni 64-23 ve Ankara Kolejliler'i 63-44 mağlup ederek tarihinde beşinci kez Türkiye şampiyonluğuna ulaştı.