Lokomotif'in şampiyon olduğu Beyoğluspor turnuvasında Fenerbahçe son sırada yer aldı. Turnuvaya katılan İTÜ ile turnuva fikstürüne göre 9 Kasım'da takvimlendirilen karşılaşmanın oynandığına dair bir kayda rastlanmamıştır.
Fenerbahçe, Galatasaray maçında (transfer etmek istediği) Bakırköysporlu Yalçın ve Oktay'ı da takviye olarak oynattı.
Sezona seri galibiyetlerle başlayan Fenerbahçe, 13 Aralık 1959'daki Galatasaray maçına kadar namağlupluğunu sürdürdü. Bu maçta 2-0 öne geçmesine rağmen yıldız oyuncularından Atilla'nın sakatlanarak maçı terk etmesinden sonra yenilgiye uğradı. 2 Ocak 1960'ta Darüşşafaka'ya yenilen sarı-lacivertliler ikincilik yarışında geri düştüler. Son 2 maça kadar Federasyon Kupası'na katılma şansını elinde tutan Fenerbahçe, arzu ettiği galibiyetleri alamadı ve iyi başladığı ligi hedeflerine ulaşamayarak bitirdi.