BioLinux

BioLinux aşağıdaki metodların birini veya birden fazlasını kullanarak bir Linux platformunda biyoinformatik yazılımlarına erişimi daha kolay yapmayı hedefleyen çeşitli projeler için kullanılan terimdir:

Komple sistem temini
Biyoinformatik yazılım depolarının sağlanması
Biyoinformatik paketlerin standart dağıtımlara eklenmesi
Biyoinformatik yazılımlarını içeren Live DVD / CD'ler
Topluluk oluşturma ve destek sistemleri

Artık hem Linux sistemlerinde hem de diğer Unix sistemlerinde benzer amaçlara sahip çeşitli projeler var ve bunların bir kısmı aşağıda verilmiştir. Ayrıca, Kanada Biyoinformatik Yardım Masası Bülteni'nde^[1] bazı Linux tabanlı projelerin ayrıntılarını içeren bir özet bulunmaktadır.

Paket depoları

Red Hat

Paket depoları genellikle biyoinformatikçinin kullandığı Linux dağıtımına özgüdür. Biyoinformatik çalışmalarında bir dizi Linux çeşidi yaygındır. Fedora, ticari Red Hat sisteminin serbest dağıtılmış bir sürümüdür. Red Hat, ticari destek ve eğitim paketleri sundukları için kurumsal dünyada yaygın olarak kullanılmaktadır. Fedora Core, topluluk tarafından desteklenen bir Red Hat türevidir ve Red Hat'in sistemini sevip fakat ticari desteğe ihtiyaç duymayanlar arasında popülerdir. Biyoinformatik uygulamalarının çoğu kullanıcısı, Red Hat Enterprise Linux sistemlerine yükleyebilenebilmesi olası Fedora ile çalışmak üzere tasarlanmış RPM'ler (Red Hat'in paket formatı) üretmiştir. Mandriva ve SUSE gibi diğer dağıtımlar da RPM kullanır, bu nedenle bu paketler bu dağıtımlar üzerinde de çalışabilir.

Debian

Debian, pek çok akademik kurumda kullanılan çok popüler bir Linux dağıtımıdır ve bazı biyoinformatikçiler bu dağıtım için kendi yazılım paketlerini deb formatında kullanıma sunmuşlardır.

Slackware

Slackware daha az kullanılan Linux dağıtımlarından biridir . Linux işletim sistemi hakkında daha iyi bilgiye sahip olan ve mevcut çeşitli GUI'lerden ise komut satırını tercih edenler arasında popülerdir. Paketler tgz veya tgx formatındadır. Slackware'e dayanan en yaygın kullanımdaki dağıtım Slax'dır ve biyoinformatik dağılımların çoğu için bir üs olarak kullanılmıştır.

BioSLAX

Apple / Mac

Pek çok Linux paketi Mac OS X ile uyumludur ve seçilen Linux paketlerini (bioinformatik yazılımı dahil) Mac OS X çalıştıran bir bilgisayara kurmayı kolaylaştıran birçok proje vardır (kaynak? )

Live DVD / CD

Live DVD'ler veya CD'ler, bir CD / DVD sürücüsünden çalıştıkları için biyoinformatik işlevleri sağlamak için ideal bir yol değildir. Bu, geleneksel bir sabit disk kurulumundan daha yavaş olduklarını ve yapılandırılma yeteneklerinin kısıtlı olduğu anlamına gelir. Buna rağmen, başka hiçbir Linux erişiminin mevcut olmadığında geçici çözümler sunmak için uygun olabilir ve hatta Linux kurulumu için temeli olarak kullanılabilir.

İyi biyoinformatik desteği olan standart dağıtımlar

Genel olarak, Linux dağıtımları geniş bir yelpazede resmi paketlere sahiptir, ancak bu genellikle bilimsel destek yöntemini içermez. Aşağıda ayrıntılandırılanlar gibi istisnalar vardır.

Gentoo Linux

Gentoo Linux, uygulamaları kaynak kodundan alan ebuild'ler şeklinde 156'nın üzerinde biyoinformatik uygulaması (ana ağaçtaki Gentoo bilim biyolojisi sürüsü 26 Şubat 2019 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi. ) sunar. Ek 315 paket Gentoo bilim yer paylaşımında 26 Şubat 2019 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi. (test için) mevcuttur.

Mükemmel topluluk desteğine sahip çok esnek bir sistem olmasına rağmen, kaynaktan yükleme zorunluluğu, Gentoo sistemlerinin kurulmasının yavaş olduğu ve ciddi bakım gerektirdiği anlamına gelir.İkili paketler üretmek için merkezi bir sunucu kullanarak derleme süresinin bir kısmını azaltmak mümkündür. Diğer taraftan, işlemcinizin en iyisini kullanarak en yüksek hızda çalışacak şekilde ince ayar yapabilirsiniz (örneğin, aslında SSE ve AVX ve AVX2 CPU talimatlarını kullanılabilir). İkili tabanlı dağıtımlar genellikle yalnızca i686 veya yalnızca i386 komut setleri kullanan ikili dosyalar sunar.

FreeBSD

FreeBSD bir Linux dağıtımı değildir fakat Unix'in bir versiyonu olduğu için Linux'e çok benzerdir. Portları Gentoo'nun ebuild'lerine benziyor ve aynı uyarılar geçerli. Bununla birlikte, önceden derlenmiş ikili paketler de mevcuttur. 60'ın üzerinde biyolojik bilimler uygulaması vardır ve bunlar Taze Portlar^[2] sitesinde listelenmiştir.

Debian

Yüzün üzerinde biyoinformatik paket standart Debian kurulumunun bir parçası olarak sunulur. NEBC Bio-Linux^[3] paketleri, bio-linux taban paketi kurulduğu sürece, standart bir Debian sistemine kurulabilir. Bu, diğer paketlerimizin yazılımlarını yüklediği bir / usr / local / bioinf dizini oluşturur. Debian paketleri, Ubuntu Linux veya diğer Debian kaynaklı kurulumlarda da çalışabilir.

Topluluk oluşturma ve destek sistemleri

Destek ve dokümantasyon sağlamak, herhangi bir BioLinux projesinin önemli bir parçası olmalıdır; böylece BT uzmanı olmayan bilim insanlarının, spesifik sorunlarına hızlı bir şekilde cevap verilmiş olunur. Destek forumları veya e-posta listeleri de araştırma topluluğundaki bilgileri yaymak için kullanışlıdır. Bu kaynaklardan bazıları buraya bağlıdır.

Ayrıca bakınız

Kaynakça

^ overview in the Canadian Bioinformatics Helpdesk Newsletter 15 Aralık 2005 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi. Webarşiv şablonunda hata: |url= value. Boş.
^ "Fresh Ports". 26 Şubat 2019 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 26 Şubat 2019.
^ "NEBC Bio-Linux". 22 Nisan 2006 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 26 Şubat 2019.

[1] verview in the Canadian Bioinformatics Helpdesk Newsletter 15 Aralık 2005 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi. Webarşiv şablonunda hata: |url= value. Boş.

[2] "Fresh Ports". 26 Şubat 2019 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 26 Şubat 2019.

[3] "NEBC Bio-Linux". 22 Nisan 2006 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 26 Şubat 2019.

[1]

[2]

[3]